现在MES系统对企业的帮助是巨大的，但是企业在引进系统之后要进行操作，实施，一些起来开始评估MES系统操作难度问题，其主要表现在以下几个方面。
MES是企业管理革命，不是技术工程
MES系统软件功能比较多，会涉及到企业生产、供应、销售、仓储、财务等各个业务部门，当然在使用过程中，服务器是需要技术部门的支持。有专家认为，在MES系统软件之前进行BPR（业务流程重构）是合理的。根据MES系统软件管理流程，企业生产，供应，销售，仓储，财务等业务活动的整合，必然打破部门壁垒，重新划分所有重叠的业务工作，这可能涉及裁员增效的敏感问题实行统一的生产物料计划，必然加大对生产部门和采购部门的控制，既影响部门领导的权威，又加强对每个员工的绩效考核； 整体信息共享后，提高了信息的透明度，这也是一些人不愿意做的事情。
实施MES有一个软件系统与企业文化的磨合过程
LED实施电子看板软件可以不像财务软件那样使用，可以进行交钥匙工程。按照财政部的统一规定，企业的会计制度统一规范，这给会计软件的实施带来了很大的便利。但企业生产资料的管理却大不相同。 不同的产品会导致不同的生产方式和生产周期，从而导致不同的计划方法和成本核算方法。 即使MES系统的软件版本适用于行业，但由于各企业的管理基础和管理方式不同，MES商品软件原型系统的使用也很难照搬。由此，面向用户的MES系统软件产品开发成为必然，这个过程可能是一个漫长的过程。 首先，软件公司需要培训员工理解MES概念和工作流程。 他们需要考虑如何更好地使用MES，而不是使用现有的人工管理方式来检查系统。软件公司还需要调动项目实施团队，了解业务流程的细节，分析哪些软件系统可以直接使用，哪些问题是企业面临的特殊问题。 企业有自己独特而有效的管理方法，都可以通过信息化来实现。
如果时间过长，企业人员的人工和机器双轨操作会使企业员工失去信心，负担过重； 如果时间过长，供应商在项目上投入太多，赚不到钱，甚至觉得无法再支持项目的实施通常对于一个中型企业来说，WIP可以运行一年甚至更长时间。这样一来，用户和销售商都希望缩短运行过程，但这有赖于双方的改进。一方面，选择的MES系统平台需要强大，灵活，能够在短时间内根据用户需求进行组装和定制；财务会计标准化工作在国家有关部门的指导下，进一步规范购销仓储业务与财务的一体化接口，进而按行业规范生产供应销售仓储质量管理
MES系统软件基础数据准备工作繁重
由于MES系统软件的实施不是单个部门业务工作的电脑化，企业各部门共享的信息存在统一识别的问题，因此统一编码和数据准备是必不可少的，没有权威人员的领导和努力，这一障碍是无法克服的。
